Vse male čistilne naprave za čiščenje komunalne odpadne vode delujejo po istih osnovnih korakih, ki so pri različnih napravah različno kombinirani:
- fizikalno izločevanje trdih delcev (npr. usedanje),
- biološko čiščenje raztopljenega onesnaženja in preostalih trdnih delcev (s pomočjo mikroorganizmov = biomasa = aktivno blato),
- ločevanje aktivnega blata od prečiščene vode in izpust prečiščene vode v okolje.

Slika: Mikroorganizme, ki čistijo vodo, zaradi izgleda imenujemo tudi aktivno blato ali biomasa.
Glavni princip čiščenja v vseh komunalnih čistilnih napravah so mikroorganizmi, zato so VSE male komunalne čistilne naprave BIOLOŠKE čistilne naprave. To pomeni, da se več sto različnih mikroorganizmov “prehranjuje” z odpadnimi snovmi, ki se nahajajo v odpadni vodi. Za učinkovito čiščenje potrebujemo dve glavni skupini mikroorganizmov:
- mikroorganizmi, ki potrebujejo v vodi raztopljen kisik za svoje delovanje in
- mikroorganizmi, ki za svoje delovanje potrebujejo vodo brez raztopljenega kisika.
To se zagotavlja ali z različnimi fazami vpihovanja ali pa s pretakanjem vode po različnih oksičnih/anoksičnih conah naprave (kot npr. pri rastlinski čistilni napravi). To je tudi glavna razlika čistilnih naprav od greznic, saj so v greznici le pogoji brez kisika in se zato ne razvijejo vsi potrebni mikroorganizmi za ustrezno čiščenje odpadne vode.
Katere snovi se odstrani?
Marsikdo je napačnega mnenja, da potrebujemo komunalne čistilne naprave zaradi povečane uporabe kemijskih čistil (praški, pomivanje posode, šamponi …). Toda to ni res. Komunalne čistilne naprave do velikosti 2000 PE (=oseb) tudi zakonsko odstranjujejo le ORGANSKO onesnaženje, kamor kemikalije niso zajete. V nekoliki meri se sicer res odstranijo tudi druge snovi, toda nekontrolirano.
Pri večjih napravah (nad 2.000 PE) pa se odstranujejo še fosforjeve in dušikove spojine (tradicionalni praški imajo veliko fosfatov), toda ostalih kemikalij se ne odstranjuje, kaj šele ostankov zdravil in mikroplastike. Zato je še toliko bolj pomembno, da postanemo kot družba bolj ozaveščeni. Problem je v tem, da bi za odstranjevanje več tisoč različnih kemikalij, ki se nahajajo v odpadni vodi, potrebovali več sto različnih postopkov čiščenja odpadne vode, kar pa ekonomsko ni vzdržno v nobeni državi.